1、信號的測量問題
　　危廢處理控制系統的物料與能量流基本上在密閉的容器和工藝管線中傳遞，進行傳熱傳質或進行化學反應。這些物料大部分具有易燃、易爆、腐蝕和毒性等特點。工業生產過程的變量很難在線測量，有些雖然可以測量但可能測不準，特別是物料的組分以及有關產品質量的一些參數，只能通過取樣送實驗室化驗分析才能獲得，對于負反饋控制系統而言，它完全依賴于工業生產過程信號測量的準確性。
　　2、執行器特性

　　作為一個危廢處理控制系統，由測量環節、控制器、被控過程和執行器四部分組成，執行器的靜態和動態特性，直接影響控制系統的品質指標。

　　3、被控過程的滯后特性
　　被控過程或被控對象存在各種純滯后或稱時滯。一個控制系統的輸出作用希望能盡快在被控變量中反映出來，然而由于純滯后的存在，其動態響應不及時，影響危廢處理控制系統控制品質
　　4、被控對象的時間常數不一樣
　　如流量控制的被控對象時間常數小：而加熱爐則時間常數大，時間常數大小將影響到自動控制的品質
　　5、非線性特性
　　危廢處理控制系統處理過程一般都具有非線性的特性，這種非線性特性使得控制校正和擾動在不同的工作區域會有不同的作用特性
　　6、時變性
　　例如生物發酵過程，生物質濃度的增長隨著時間而變化，相應的原科消耗與產物的形成都是影響危廢處理控制系統穩定的因素。
　　7、本征不穩定性
　　一些化學反應過程與生化反應過程、在某些操作范圍內系統本身是不穩定的，如果過程進入不穩定的操作區域，其過程變量的變化，如化學反應溫度與壓力，可能會以指數形式增加，在這時候系統可能會進入循環振蕩而不穩定，這時危廢處理控制系統會顯得無能為力。